Балобаны достигают половозрелости в возрасте около года. Птицы образуют постоянные пары, хотя во время, до и после брачного периода, самка и самец держатся врозь. В апреле у балобанов происходят брачные игры: он характеризуется присаживанием пары на гнездо и символическим приносом строительных материалов для гнезда. Само гнездо пара не строит - балобаны селятся исключительно в гнездах других птиц. Одно и то же гнездо пара может занимать в течение нескольких лет. Иногда у одной пары балобанов может быть несколько гнезд, находящихся недалеко одно от другого.
Популяции балобанов, обитающие на территории Алтая и Тыве, в местах с горным или степным ландшафтом, птицы устраивают гнезда исключительно на скалах. Птицы занимают гнезда мохноногого курганника (Buteo hemilasius), ворона (Corvus corax), и в редких случаях даже орлов (Aquila ssp.) и черного аиста (Ciconia nigra).
Балобаны, обитающие на равнинных территориях, гнездятся в жилищах ворона (Corvus corax), или в постройках хищных птиц: могильника (Aquila heliaca), коршуна (Milvus migrans), канюка (Buteo buteo), тетеревятника (Accipiter gentilis) на деревьях, большей частью хвойных.
В целом, гнездо балобана представляет собой жилище, построенное из толстых сучковатых веток и палок, диаметром около 70-75 см. Лоток не глубокий, без подстилки, или со скудной подстилкой из тонких веточек или сухой травы.
Самка начинает откладывать яйца в апреле. В кладке балобана от 1 до 5 яиц, желтоватого или буроватого цвета. По виду яйца практически не отличимые от яиц кречета. Яйца имеют овальную форму, немного заостренную, с матовой мелкозернистой скорлупой с шероховатой поверхностью. В начале яйца имеют более насыщенную окраску. К концу насиживания эта окраска блекнет.
Насиживанием потомства занимаются оба родителя, но преимущественно самка. Она улетает из гнезда только утром и под вечер – на это время ее сменяет самец. Инкубационный период длится около месяца. В возрасте около месяца птенцы уже оперяются пухом, на втором месяце жизни молодые балобаны уже начинают приобретать наряд взрослых птиц. К середине лета птенцы начинают вылетать из гнезда на небольшие расстояния.