Полибактерин показан при заболеваниях полости рта, в том числе связанных с дисбактериозом. Также назначают при воспалительных заболеваниях слизистой оболочки полости рта, кариесе, а также пародонтите.
При заболеваниях желудочно-кишечного тракта: различных нозологических формах острых кишечных инфекций, пищевых токсикоинфекциях; длительных кишечных расстройствах, затяжных и хронических колитах, энтероколитах, сопровождающихся нарушением микрофлоры. При долечивании реконвалесцентов, а также профилактике и купировании клинических проявлений различных форм дисбактериоза. В комплексной терапии целого ряда заболеваний, в том числе туберкулеза, менингита, гепатитов, цирроза печени, онкологических заболеваний, реактивных артритов и других схожих заболеваний.
В гинекологической практике препарат назначают при кольпитах, дисбактериозах влагалища, в том числе после окончания курса антибиотикотерапии. Для подготовки к плановым гинекологическим операциям; предродовой подготовке беременных групп риска по развитию гнойно-септических осложнений.